Fjármálaeftirlitið tók til starfa 1. janúar 1999 á grundvelli laga 87/1998 um eftirlit með fjármálastarfsemi. Páll Gunnar Pálsson (Péturssonar frá Höllustöðum),  starfaði sem deildarstjóri í viðskiptaráðuneytinu og var sem slíkur starfsmaður nefndar sem Finnur Ingólfsson viðskiptaráðherra skipaði og fjallaði um endurskoðun eftirlits með fjármálastofnunum. Frumvarp til laga um eftirlit með fjármálastarfsemi var síðar samið í ráðuneytinu á grundvelli skýrslu nefndarinnar.

Páll Gunnar Pálsson var fyrsti forstjóri Fjármálaeftirlitsins (1999-2005).

Sumarið 2005 tók Jónas Fr. Jónsson við forstjóraembættinu af Páli Gunnari.

Stjórn fjármálaeftirlitsins hefur verið skipuð eftirfarandi aðilum:

Skipun sem gildir frá 1. janúar 2008:

Jón Sigurðsson, formaður

Skipun sem gilti frá 1. janúar 2007:

Lárus Finnbogason löggiltur endurskoðandi, formaður

Sigríður Thorlacius lögfræðingur, varaformaður

Ingimundur Friðriksson seðlabankastjóri

Skipun sem gilti frá 25. október 2002:

Stefán Svavarsson löggiltur endurskoðandi, formaður

Lárus Finnbogason löggiltur endurskoðandi, varaformaður

Ingimundur Friðriksson seðlabankastjóri

Skipun sem gilti frá 1. janúar 2001:

Stefán Svavarsson löggiltur endurskoðandi, formaður 

Lárus Finnbogason löggiltur endurskoðandi, varaformaður

Finnur Ingólfsson seðlabankastjóri

Skipun sem gilti frá 1. janúar 2000:

Tryggvi Jónsson löggiltur endurskoðandi og aðstoðarforstjóri Baugs, formaður (sjá kveðjuræðu Tryggva (PDF) undir lok árs 2000).

Lárus Finnbogason löggiltur endurskoðandi, varaformaður

Finnur Ingólfsson seðlabankastjóri

Skipun sem gilti frá 1. janúar 1999:

Tryggvi Jónsson löggiltur endurskoðandi og aðstoðarforstjóri Baugs, formaður.

Lárus Finnbogason löggiltur endurskoðandi, varaformaður

Birgir Ísleifur Gunnarsson seðlabankastjóri.