Framsóknarflokkurinn fór með völdin í viðskiptaráðuneytinu á árunum 1995-2007 á mestu uppgangsárum einkavinavæðingar og endurskipulagningar ríkisstjórnarinnar á fjármálamarkaði. Ráðherrar á þessum tíma voru:

Finnur Ingólfsson 1995-1999

Finnur lét af störfum sem iðnaðar- og viðskiptaráðherra réttum mánuði eftir tilkynningu ráðuneytisins um að ríkisstjórnin hafi samþykkt að frumvarp viðskiptaráðherra sem veitti heimild til sölu á hluta hlutafjár ríkissjóðs í Landsbanka og Búnaðarbanka.

Valgerður Sverrisdóttir 1999-2006

Valgerður tók við ráðherrastarfinu af Finni í lok árs 1999 og gegndi því þar til hrókeringar voru gerðar á ráðherraliði í stjórn framsóknar og sjálfstæðismanna 2006.

Jón Sigurðsson 2006-2007

Loks varð Jón Sigurðsson viðskiptaráðherra framsóknarflokksins árið 2006.

Starfsmenn viðskiptaráðuneytisins á þeim tíma voru m.a. eftirfarandi:

Halldór J. Kristjánsson

Halldór starfaði í viðskiptaráðuneytinu frá 1981 þar til 1998 er hann var ráðinn aðalbankastjóri Landsbanka Íslands hf.sem nýtekið hafði yfir rekstur ríkisbankans. Síðustu tvö árin sem Halldór starfaði í ráðuneytinu var hann settur ráðuneytisstjóri. Í tilkynningu viðskiptaráðuneytisins frá árinu 1996 segir að Halldór hafi verið skipaður skrifstofustjóri í ráðuneytinu 1989, hafi farið til starfa hjá Evrópubankanum í London 1991-1994 og þá tekið að nýju við starfi skrifstofustjóra og gegnt því þar til hann var settur ráðuneytisstjóri eins og áður segir. Halldór var ráðinn bankastjóri Landsbanka Íslands hf. af bankastjórn sem kosin var á stofnfundi hlutafélagsins. Svo virðist sem viðskiptaráðuneytið hafi farið með atkvæði ríkisins í hinu nýja hlutafélagi (frekari rannsókn til staðfestingar ólokið). Finnur Ingólfsson, þáverandi viðskiptaráðherra, hafði skipað Helga S. Guðmundsson síðar meðkaupanda Finns að Búnaðarbanka Íslands hf., sem fyrsta stjórnarformann Landsbanka Íslands hf.

Þórður Friðjónsson

Þórður Friðjónsson var settur ráðuneytisstjóri þegar Halldór var ráðinn bankastjóri Landsbankans. Þórður var á þeim tíma forstjóri Þjóðhagsstofnunar sálugrar. Eins og Halldór var hann settur til næstu áramóta á eftir. Halldór gengdi þó starfinu í tvö ár en Þórður fram á mitt næsta ár (1999) þegar hann sneri aftur til sinna fyrri starfa.

Þorgeir Örlygsson

Þorgeir Örlygsson lagaprófessor var settur ráðuneytisstjóri 1999 þegar Þórður sneri aftur í Þjóðhagsstofnun.

Páll Gunnar Pálsson

Páll Gunnar Pálsson (Péturssonar frá Höllustöðum) var deildarstjóri í viðskiptaráðuneytinu árið 1996 þegar hann var starfsmaður nefndar sem skipuð hafði verið til þess að endurskoða eftirlit með fjármálastarfsemi. Fjármálaeftirlitið var stofnað á grundvelli laga sem unnið var uppúr starfi nefndarinnar.

Páll Gunnar varð síðar forstjóri Fjármálaeftirlitsins og enn síðar forstjóri Samkeppniseftirlitsins, hvoru tveggja eftirlitsstofnanir á vegum viðskiptaráðuneytisins.

Kristján Skarphéðinsson

Kristján Skarphéðinsson starfaði sem skrifstofustjóri í sjávarútvegsráðuneytinu þegar hann fluttist til iðnaðar- og viðskiptaráðuneytisins um mitt ár 1999. Kristján var ráðinn til sjávarútvegsráðuneytisins árið 1987 þegar Halldór Ásgrímsson var sjávarútvegsráðherra. Kristján var settur ráðuneytisstjóri iðnaðar- og viðskiptaráðuneytisins undir lok ársins 2002 og gegnir enn stöðu ráðuneytisstjóra í iðnaðarráðuneytinu (skipaður til 5 ára 2005) hann gegndi því starfi ráðuneytisstjóra viðskiptaráðuneytisins þar til skrifstofur ráðuneytisins voru skildar frá iðnaðarráðuneytinu eftir kosningar 2007.

Jónína S. Lárusdóttir

Núverandi ráðuneytisstjóri viðskiptaráðuneytisins réð sig til viðskiptaráðuneytisins á árinu 2000 og var skipuð skrifstofustjóri árið 2004.

Þann 31.1.2005 var kynnt nýtt skipulag iðnaðar- og viðskiptaráðuneyta og voru starfsmenn sem unnu að málefnum tengdum viðskiptaráðuneyti eftirfarandi:

Almenn skrifstofa (Jónína S. Lárusdóttir skrifstofustjóri)

Guðjón Axel Guðjónsson
Guðrún Skúladóttir
Halldóra Kristbergsdóttir
Helga Halldórsdóttir
Jónína Guðmundsdóttir
Jónína S. Lárusdóttir
Jónvör Steinhólm
Margrét Traustadóttir
Ólöf Stefánsdóttir
Sigurrós Hilmarsdóttir
Vigdís Ársælsdóttir
Viðskiptamál (Kjartan Gunnarsson skrifstofustjóri)

Áslaug Árnadóttir
Haraldur Örn Ólafsson
Jón Ögmundur Þormóðsson
Kjartan Gunnarsson
Þóra Hjaltested
Þórir Skarphéðinsson